深圳办理港澳通行证的流程如下：
预约
可以通过“深圳公安”微信公众号或深圳公安官网进行预约，选择办理点和办理时间。
预约成功后，会收到短信提示，并可在预约系统中的个人中心查询是否预约成功。
递交材料
按照预约时间前往办理点，凭身份证领取申请表并进行取号排队。
提交填写好的《中国公民出入境证件申请表》及所需的相关证明材料。
提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照（亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执）。
16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
受理申请
工作人员对提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人（如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》）。
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
发放证件
申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
建议提前进行预约，以确保顺利办理港澳通行证。