微信收款两个店可以通过以下方法进行管理：
使用微信支付的集团支付功能
将多个店铺的账号绑定到一个集团管理账号中。
对收款码进行归类，以便于管理。
使用微信收款商业版
准备相关材料，包括营业执照、身份证照片、收款银行卡和门店照片。
进入“微信收款商业版”公众号，按照提示上传资料。
在线签约，等待官方审核通过。
申请免费收款码，并配置门店和店员。每个门店会生成一个独立的收款码，所有资金会统一结算到商户号对应的银行账户中。
新增子商户并分配独立收款二维码
在微信商户平台选择“新增子商户”，填写店铺信息。
为每个子商户分配独立的收款二维码。
所有的收款信息会显示在对应的商户平台账户中，便于统一管理。
多门店对账
在“微信收款商业版”小程序中添加门店，选择不同门店查看收款明细。
设置收款记录查询的开始及截止时间，查看指定门店或店员的收款明细。
管理员可查看所有门店，店员只能查看对应门店。
建议
选择合适的工具：根据店铺的规模和需求选择合适的管理工具，如微信收款商业版适合中大型商户，聚合收款码适合小型商户。
确保信息准确：在绑定账号和申请收款码时，确保所有信息的准确无误，以便于后续的财务管理和对账。
定期对账：建议定期进行对账，确保收款记录的准确性和及时性，避免因收款混乱导致财务问题。